消化内科在2014年10月清华长庚医院创院时成立，为医院优先发展科室。学术带头人姜泊教授是国内著名的消化科专家，荣获2015年度何梁何利基金科学与技术进步奖，首届“水木杏林好医生”。在姜泊主任带领下，科室以胃肠道常见及疑难疾病的诊治为基础，以消化道内内窥镜诊治为重点，与医学影像、病理等多学科合作，采用内外科一条龙的联合诊治的措施，在专业领域取得了良好的发展。消化内科学术团队目前拥有主任医师5名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师7名，研究生4名。住院床位数达到36张，年住院病人1000余人，年门诊量超过3万人次，年内镜检查量约一万五千例。