2012年9月17日，清华大学校长陈吉宁、副校长张凤昌、副校长姜胜耀出席北京清华医院医疗大楼主体结构封顶仪式，同时视察北京清华医院建设工地，慰问清华大学和台湾长庚纪念医院双方联合筹备处的全体员工，并在综合楼会议室听取了医院建设情况汇报。昌平区卫生局副局长刘慧勤以及昌平区相关单位负责人，清华大学基建处、人事处、财务处等相关部处、附属医院等单位负责人，清华大学副秘书长、北京清华医院总执行长王志华、副总执行长周月红、医疗主管王仲教授，台湾长庚纪念医院支援主管蔡连福等参加汇报并陪同视察。

在听取了医院建设情况的汇报后，陈吉宁校长指出，大力发展生命科学和医学是清华大学建设世界一流大学的重要战略部署，也是完善学科布局的重要举措。因此，清华大学把生命科学与医学作为学校当前以及未来发展的重中之重，而具有国际水准的临床教学医院，将是未来培养医学人才、发展创新性医疗、提升医院管理水准的必要支撑。他说，北京清华医院的建设得到了北京市、昌平区和天通苑社区等各级干部群众的热情支持，更得到了台湾长庚纪念医院的大力援助，学校对此表示诚挚的感谢。

随后，陈吉宁校长一行实地考察了医院建设施工进展。北京清华医院一期工程由医院门急诊及病房楼、行政及动力中心楼、综合楼三部分组成。综合楼已于2012年7月30日正式投入使用；行政楼及动力中心已于2011年11月完成结构封顶，现阶段处于外墙装修阶段，预计2012年底投入使用；医疗大楼即医院门急诊及病房楼已于日前完成结构封顶。

伴随北京清华医院医疗大楼主体结构封顶仪式的举办，医院建设进入了一个全新的阶段。为此，陈吉宁校长向北京清华医院提出了四点希望：一是明确学科布局，大力推进国际合作，延揽海内外人才，优化资源配置，创立临床医学人才培养的新模式；二是深入学习和借鉴台湾长庚纪念医院三十多年的先进成熟经验，与内地实际相结合，大胆创新，建立现代医院管理制度，探索公立医院改革的新路子；三是抓住医疗卫生体制改革的新契机，主动对接北京市医疗卫生体系发展规划和天通苑社区的地缘需求，争取成为大型教学医院和社区医疗相结合的新典范；四是弘扬清华大学的优良传统，坚持以人为本的指导思想，加强医院核心文化建设，争取成为患者满意、医护人员满意、政府满意的新型医院。