2013年1月14日上午，清华大学副校长姜胜耀来到北京清华医院建设工地考察工程进展，看望建设团队。姜胜耀察看了工程建设情况，在综合楼会议室召开现场会，听取了关于医院工程建设情况及所面临问题的汇报，现场协调在建各方商讨如何有效推进工程建设进展。他指出，发展医学是清华大学的一项战略部署，北京清华医院的建设对清华医学学科的发展具有重要意义。为切实推进医院工程建设，各方要明确目标、加强沟通、保证质量、建设精品工程。他代表学校向台湾长庚援建团队对北京清华医院建设的大力支持，对团队成员的辛勤付出表示衷心的感谢，并对建设团队全体员工致以新春的祝福。清华大学基建处、台湾长庚援建团队及北京清华医院相关工作负责人参加了会议。

北京清华医院于2010年9月正式开工建设，2012年初东配楼结构封顶，2012年7月医疗大楼结构封顶，2012年8月综合楼投入使用。目前东配楼和医疗大楼进入内部装修阶段，预计于2014年运营。