作为承载清华大学建设“双一流”大学的重要使命的医学学科组成部分，北京清华长庚医院以成为国际一流医学中心为目标，以“提供健康守护、培养医学精英、创新临床研究、追求卓越管理”为使命，全面借鉴台湾长庚纪念医院现代医院管理模式和经验，实现医教研均衡发展，创新突破，砥砺前行。医院建院之初，就将医学教育放在重要的战略位置。
    医院以符合北京市要求、又具有特色的住院医师-专科医师一体化培训体系为依托，自2015年起，已连续五年承接清华大学临床医学研究生的临床训练教学任务。
    目前医院有清华大学研究生导师24人，其中11人为博士生导师。
    医院自2013年起，连续7年承接清华大学八年制医学生的教学任务，包括早期接触临床实践、物理医学与康复医学、临床医患沟通、openday、出科考核及毕业考核任务。